Do zadań BOIN należy:

1) zapewnienie ochrony informacji niejawnych, w tym stosowanie środków bezpieczeństwa fizycznego;
2) zapewnienie ochrony systemów teleinformatycznych, w których są przetwarzane informacje niejawne;
3) zarządzanie ryzykiem bezpieczeństwa informacji niejawnych, w szczególności szacowanie ryzyka;
4) kontrola ochrony informacji niejawnych oraz przestrzegania przepisów o ochronie tych informacji, w szczególności okresowa (co najmniej raz na trzy lata) kontrola ewidencji, materiałów i obiegu dokumentów;
5) prowadzenie szkoleń w zakresie ochrony informacji niejawnych mających na celu zapoznanie z:
- przepisami dotyczącymi ochrony informacji niejawnych oraz odpowiedzialności karnej, dyscyplinarnej i służbowej za ich naruszenie, w szczególności za nieuprawnione ujawnienie informacji niejawnych;
- zasadami ochrony informacji niejawnych w zakresie niezbędnym do wykonywania pracy, z uwzględnieniem zasad zarządzania ryzykiem bezpieczeństwa informacji niejawnych, w szczególności szacowania ryzyka;
- sposobami ochrony informacji niejawnych oraz postępowania w sytuacjach zagrożenia dla takich informacji lub w przypadku ich ujawnienia.
6) prowadzenie zwykłych postępowań sprawdzających oraz kontrolnych postępowań sprawdzających;
7) prowadzenie aktualnego wykazu osób zatrudnionych lub wykonujących czynności zlecone, które posiadają uprawnienia do dostępu do informacji niejawnych, oraz osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub je cofnięto
8) przekazywanie odpowiednio ABW lub SKW do ewidencji danych osób uprawnionych do dostępu do informacji niejawnych, a także osób, którym odmówiono wydania poświadczenia bezpieczeństwa lub wobec których podjęto decyzję o cofnięciu poświadczenia bezpieczeństwa, na podstawie wykazu, o którym mowa w pkt 7.